In seine Funktionsperiode als Aufsichtsratsvorsitzender der BAWAG fiel die BAWAG-Affäre. Er genehmigte die exorbitant hohen Gagen für Helmut Elsner und verpfändete mit Fritz Verzetnitsch im Jahr 2000 heimlich das Vermögen des ÖGB zur Abdeckung der BAWAG-Verluste. Dazu und um die Beteiligung des ÖGB an dem amerikanischen Broker Refco zu tarnen, gründete er in Liechtenstein diverse Stiftungen wie Dessana.

Im ersten Bawag-Prozess wurde er am 7. Juli 2008 nicht rechtskräftig zu zweieinhalb Jahren Haft (davon 2 Jahre bedingt) verurteilt. Das Urteil wurde vom OGH im Dezember 2010 aufgehoben und zur Neuverhandlung an die erste Instanz zurückverwiesen. Im zweiten Bawag-Prozess erfolgte schließlich am 18. Dezember 2012 der Freispruch vom Vorwurf der Untreue, wegen Bilanzdelikten beim ÖGB wurde Weninger zu einer bedingten Haftstrafe von 1 Monat verurteilt, das Urteil ist rechtskräftig.

_{Quelle: Wikipedia vom 12.07.2015}